A partire dalla fine del XII secolo a. C., la Sicilia e le isole che la coinvolgevano furono interessate dalle esplorazioni dei mercanti-navigatori Fenici, che in alcuni casi crearono insediamenti lungo le coste. Mozia, il cui nome fenicio era Mtw, Hmtw (porto, approdo), come risulta dalle leggende monetali, è stata antropizzata fin dalla Tarda Età del Bronzo, ma le prime tracce archeologiche relative alla presenza dei Fenici, sono databili alla fine dell’VIII sec.aC Inoltre, in una delle poche testimonianze storiografiche da noi possedute, lo storico greco Tucidide ricorda che i Fenici si ritirarono nella parte occidentale della Sicilia, più esattamente nelle tre città di loro fondazione Mozia, Solunto e Palermo, quando la pressione della colonizzazione greca si fece più insistente. Nel 397 aC Dionisio di Siracusa prese e distrusse Mozia all’inizio della sua campagna di conquista delle città elleniche e puniche della Sicilia occidentale; l’anno successivo l’isola venne rioccupata dai Cartaginesi, ma non si procedette alla riedificazione della città, in favore di un potenziamento dell’insediamento di Lilibeo, l’odierna Marsala. A poco a poco, con il passare del tempo, l’isola venne solo sporadicamente frequentata: abbiamo testimonianze, materiali e architettoniche, di epoca romana e araba .

Nell’XI secolo l’isola, insieme ad altri possedimenti nel territorio marsalese, fu donata dai Normanni all’ordine basiliano ei monaci diedero il nome San Pantaleo all’isola, dedicandola al santo fondatore dell’ordine. Nella seconda metà del XVI secolo i Gesuiti, proprietari in quel periodo dell’isola, costruirono un edificio sul luogo dell’attuale museo Whitaker, che sembra riutilizzarne parti di muratura. La prima identificazione dell’isola con l’antica Mozia risale al viaggiatore e studioso tedesco Filippo Cluverio nel XVII secolo e notizie dei resti archeologici sull’isola si hanno nei testi di diversi eruditi del Settecento. Nel 1792 fu data come feudo al notaio Rosario Alagna insignito con il titolo di Barone di Mothia. Sotto il suo patrocinio incominciarono i primi scavi archeologici, in seguito all’autorizzazione del principe di Torremuzza e poi di Monsignore Alfonso Airoldi, custodi alle antichità della Sicilia occidentale. Il barone fu nominato sovrintendente alle antichità del territorio di Trapani e diresse alcuni scavi su ordine del monsignor Airoldi, rinvenendo nel 1793 un gruppo scultoreo riproducente due leoni che azzannano un toro, attualmente esposto nel Museo Whitaker di Mozia. Nel 1806 la proprietà dell’isola passò in mano a piccoli proprietari che la coltivarono soprattutto a vigneto, coltivazione attiva ancora oggi.
Nella seconda metà dell’Ottocento anche H. Schliemann seguì una campagna di scavo sull’isola ma, poiché non trovò materiali preziosi, ritenne poco interessante il sito e non continuò le ricerche. Agli inizi del Novecento l’intera isola fu sviluppata da Joseph Isaac Spatafora Whitaker, erede di una famiglia inglese che si era trasferita in Sicilia, interessandosi, tra le altre cose, anche alla produzione del marsala. Fu lui a promuovere i primi scavi archeologici, che iniziarono nel 1906 e proseguirono fino al 1929: si misero in luce il santuario fenicio-punico del Cappiddazzu, parte della necropoli arcaica, la cosiddetta Casa dei Mosaici, l’area del tofet, le zone di Porta Nord e di Porta Sud e della Casermetta. Inoltre, per far sì che gli oggetti rinvenuti fossero visibili a tutti, Whitaker costruì, addossato alla sua abitazione sull’isola, un grande ambiente per esporre i materiali provenienti dagli scavi moziesi e da quelli realizzati nella necropoli di Lilibeo.